El genero Chlamydia contiene tres especies; C. psittaci, C. pneumoniae y C. trachomatis, estos organismos son bacterias intracelulares obligadas pertenecientes a la familia de Chlamydiaceae del orden de los Rickettsiales, pueden considerarse bacterias gramnegativas que carecen de algunos mecanismos para la producción de energía metabólica y no pueden sintetizar ATP, este defecto las obliga ala existencia intracelular, en donde la célula huésped los intermediarios ricos en energía. Las Chlamydias tienen un ciclo singular de desarrollo con dos formas diferentes: El cuerpo elemental (CE) infeccioso, extracelular de tamaño muy pequeño (300-400 nm, 0.3mm), no se divide y el cuerpo reticulado (CR) no infeccioso, intracelular que se divide por fisión binaria y de mayor tamaño (800-1000 nm, 0.5 a 1mm) por lo que son multiplicables.

El CE es un cuerpo rígido y resistente a la rotura, como consecuencia de los puentes disulfuro de las proteínas de la capa externa de la membrana, el CR, que es la forma metabólica activa, presenta en cambio fragilidad osmótica y carece en parte de las proteínas principales de la capa externa de la membrana, poseen RNA y DNA. Las Chlamydias son antigenicamente complejas, poseen antígenos específicos de genero, especie, subespecie, tipo e incluso tal vez de cepa, todas las Chlamydias tienen un antígeno reactivo de grupo (especifico del género).

Las diferentes enfermedades generadas por C. trachomatis están relacionadas con distintos serotipos o serovariedades, se han identificado 15, los serótinos A, B, Ba, C son causantes del Tracomona, los serótinos D, E, F, G, H, I, J y K son causantes de la conjuntivitis de inclusión en adultos, neumonía del lactante y las infecciones genitales, finalmente el linfogranuloma venéreo causado por los serotipos L1, L2, L3. Las C. trachomatis se multiplican dentro de las células huéspedes susceptibles, este ciclo comienza por la adherencia del CE a la microvellosidades de las células sensibles. C. trachomatis infecta in vivo únicamente las células epiteliales no ciliadas, cilíndricas o cuboideas de diferentes mucosa, como las conjuntivas, endocervix, uretra, recto, endometrio y trompas de Falopio, algunas otras cepas de Chlamydias se multiplican en otras células.